La storia del manga originale di xxxHOLiC segue Yuuko - una strega che esaudisce i desideri delle persone, ma in cambio queste devono rinunciare a qualcosa di prezioso - e Kimihiro Watanuki, un uomo che ha delle visioni. Un giorno, Watanuki incontra Yuuko e lei promette di aiutarlo a sbarazzarsi degli spiriti che lo tormentano. In cambio il ragazzo deve lavorare nel negozio della strega e assisterla nel soddisfare i desideri degli altri.