Cosa si staglia oltre le nuvole? Si tratta di un'enorme torre bianca: fonte di mille dibattiti e ispirazione per innumerevoli fantasie. La torre ha segnato un punto di svolta nel paese e simboleggia un Giappone alternativo che, dopo la seconda guerra mondiale, è diviso in due parti: una occupata dall'Unione e l'altra sotto il controllo di un'alleanza tra Giappone e Stati Uniti.

La storia, poetica e fantastica come da tradizione di Shinkai, è ambientata negli anni '90, quando il paese si riunisce e soltanto Hokkaido rimane occupata dall'Unione, che costruisce una torre smisurata: si tratta di un'arma in grado di trasformare il mondo in un universo completamente differente. Intanto due amici, Hiroki e Takuya, lavorano da tempo ad un aereo; il loro sogno è quello di avvicinarsi alla Torre per vedere finalmente cosa si nasconde oltre di essa. A poco a poco una ragazza di nome Sayuri si unisce a loro ed insieme diventano un trio inseparabile.

I due adolescenti promettono di portare la ragazza con loro per scoprire cosa ci sia al di là della Torre, ma un giorno Sayuri scompare senza lasciare traccia. La promessa appare dunque infranta: Hiroki e Takuya abbandonano il loro sogno e le loro strade si dividono. Il destino però li riunirà anni più tardi, ma ora sono adulti e le cose sono cambiate. La promessa che li legava un tempo può essere considerata ancora valida?