John Stockwell l'ha voluto affiancare all'ancora non Regina Marie Antoinette, Kirsten Dunst, rivelando a centinaia di teenagers americane il fascino di un bravo ragazzo dalle chiare origini latino americane. Ma questo gli è servito solo come punto di partenza, perché la vera rivelazione è stata in quelle pellicole oscure che l'hanno portato a una nuova vita artistica, fra terribili torture senza scrupoli da parte di assassini atroci e sanguinari.
Dopo aver studiato al Don Bosco Techinical Institute di Rosemead (California), si iscrive alla Schurr High School di Montebello. Ed è proprio nella sua città natale che viene scoperto dal talent scout Howard Tyner, mentre era dentro un ascensore. Trasferitosi a Los Angeles debutta nella serie tv della NBC Hang Time (1995) nel ruolo del giocatore di basket Antonio Lopez. Successivamente lavora per MTV nel ruolo del pizzaiolo Eddie della serie Undressed (1999).
L'esordio cinematografico arriva nel 2000, nella pellicola inedita in Italia, Living the Life (2000) di Alex Munoz, poi affianca Kirsten Dunst nel film per teenagers Crazy/Beautiful, nel ruolo dello studente liceale Carlos Nunez che sta per iscriversi alla US Navy Academy e sente una forte attrazione per una ragazza abbastanza agiata.
Dopo Radio Killer (2001) e Un sogno, una vittoria (2002), recita accanto a John Travolta in Squadra 49 (2004), poi passa al film sull'11 settembre di Oliver Stone World Trade Center (2006) affianco a Nicolas Cage. Nel 2006, entra nel cast del film di Eli Roth Hostel, un horror all'interno del quale interpreta uno studente americano che va in vacanza in Slovenia e si trova prigioniero del sadismo di macellai inumani. Il successo del film sarà talmente grande che Hernandez sarà anche protagonista del seguito Hostel: Part II (2007). Attualmente è sposato con l'attrice Daniella Deutscher, conosciuta sul set del telefilm Hang Time.