Souleymane Cissé è nato in Mali da una famiglia musulmana di modeste origini. La passione per il cinema nasce con lui: vede film regolarmente, in compagnia dei fratelli maggiori e degli amici, da quando aveva 7 anni. Frequenta la scuola superiore a Dakar, in Senegal, e ritorna in Mali nel 1960, quando il Paese ottiene l'indipendenza dalla Francia. In quel periodo partecipa a movimenti giovanili e inizia a proporre dei film, che commenta egli stesso al pubblico, alla Maison des Jeunes de Bamako.
Inizia la sua attività con un film documentario sull'arresto di Patrice Lumumba poi, grazie a una borsa di studio, partecipa a uno stage di cinematografia a Mosca. Rientra nel 1970 in Mali, con un diploma in tasca e pronto a mettere a frutto le sue conoscenze. Lavora come cameraman-reporter per il Service Cinématographique du Ministère de l'Information, il che gli permette di viaggiare per il suo Paese per tre anni e realizzare dei documentari.
Cissé gira il suo primo medio metraggio nel 1971; Cinq jours d'une vie (Cinque giorni di una vita) racconta la storia di un giovane che lascia la scuola coranica e vagabonda per le vie della città. L'opera viene premiata al festival di Cartagine. Il suo primo film è del 1975, in lingua bambara : Den Muso (La ragazza) narra le vicenda di una giovane violentata che, una volta scoperto che aspetta un bambino, viene cacciata dalla sua famiglia. Il film viene proibito dal ministero della Cultura e Cissè viene arrestato. Nel 1977 crea la società Les Films Cissé (Sisé Filimu). L'anno dopo gira Baara (Il lavoro) e poi, nel 1982, Finyè (Il vento) presentato a Cannes: Cissè sarà membro della giuria l'anno successivo. Fra il 1984 e il 1987 gira Yeelen (La Luce), film pieno di poesia, iniziatico, che narra del doloroso cammino percorso da un giovane che diventa adulto. Con questo film vince il Premio speciale della Giuria al festival di Cannes. È la volta poi di Waati (Il tempo, 1995), la storia di un ragazzo del Sudafrica ai tempi dell'Apartheid.
Cissé è, dal 1997, presidente dell'Unione dei creatori e imprenditori del cinema e dell'audiovisivo dell'Africa dell'Ovest (UCECAO). È commendatore dell'Ordine nazionale del Mali (decisione del presidente della Repubblica Amadou Toumani Touré), nonché commendatore delle Arti e delle Lettere della Repubblica francese.
Ha detto: « Il primo compito di un cineasta africano è affermare che le persone che vivono qui sono esseri umani e far capire che i nostri valori possono servire agli altri. La generazione che ci seguirà si aprirà su altri aspetti del cinema. Nostro dovere è far capire che i bianchi hanno mentito attraverso le loro immagini».
«Il senso della mia vita è credere nel futuro. Se fossi fatalista non sarei un cineasta. Niente mi ha spinto a fare del cinema. L'ho scelto io. Volevo vedere le cose e farle vedere. Quando si ha questa curiosità non si può essere fatalisti».
