Figura di punta del cinema indipendente americano, ha studiato Filosofia presso la Columbia University e Cinema alla New York University. Ha mosso i primi passi sul set lavorando dapprima come operatore e cimentandosi poi nella realizzazione di videoclip e spot pubblicitari. L'esordio nel lungometraggio è del 1994 con la produzione indipendente Clean, Shaven, storia di un uomo affetto da schizofrenia che cerca di riprendersi la figlia data in affido a una nuova famiglia. La pellicola, presentata a Cannes nella sezione Un Certain Regard, ottiene un buon successo di critica e pubblico. Seguono Claire Dolan (1998), con Vincent D'Onofrio e Katrin Cartlidge nel ruolo di una ragazza squillo, e In God's Hands (2002). Quest'ultimo lavoro, interpretato da Peter Sarsgaard e prodotto da Steven Soderbergh, non ha però mai visto la luce a causa di un incidente di laboratorio occorso durante le fasi di lavorazione del negativo. Ancora prodotto da Steven Soderbergh è il recente Keane (2004), proiettato a Cannes nella Quinzaine des Réalisateurs, dove Kerrigan torna a indagare l'universo di un uomo mentalmente instabile, tormentato dal rapimento della figlioletta.
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