Si forma inizialmente come grafico. Dal 1975 lavora nel cinema come aiuto operatore, aiuto regista, montatore e fonico per poi dedicarsi a progetti personali, realizzando documentari e lungometraggi di finzione. Nel 1985 fonda la Boa Filmproduktion, con cui realizza film per cinema e TV. Nel 2000 apre i battenti di un'altra casa di produzione, la Snakefilm. Markus Fischer lavora soprattutto per la televisione: negli ultimi anni ha firmato Füür oder Flamme (2002), Tod einer Arztin (2004) e Süssigkeiten (2005) per la rete svizzera tedesca. Alla carriera di regista affianca quella di musicista componendo colonne sonore. Tra i suoi lavori, le commedie musicali Passengers (2000) e One Bullet Left (2003), entrambe pluripremiate.
Da Catalogo del 60° Festival del film di Locarno - 2007
