Jacques Bonnaffè è nato a Douai, ma si è formato al Conservatorio di Lille, parallelamente alla sua passione per la musica, ha proseguito la carriera di attore teatrale, consacrandosi come interprete di poesie e letture pubbliche, recitando le opere di Arthur Rimbaud, Jules Mousseron e altri autori contemporanei come Jean-Pierre Verheggen. Il che lo ha spinto a formare una propria compagnia teatrale, la Faisan, con la quale ancora lavora.

La carriera cinematografica
Nel 1980, debutta per la prima volta al cinema con il film di Edouard Niermans Anthracite, nel piccolo ruolo di uno studente. Lo si ricorda per una sua apparizione nella pellicola di Jean-Luc Godard Prénom Carmen (1983), nella parte di Joseph Bonnaffé. Dopo La frattura del miocardio (1990), lavora soprattutto in televisione: è la voce del film tv Darwin (1993) diretto dal genio di Peter Greenaway ed è uno dei protagonisti della serie tv Jalna (1994). Al cinema lo si vedrà nella pellicola Sciampiste & Co. (1999) di Tonie Marshall con Nathalie Baye, Mathilde Seigner, Audrey Tautou, Robert Hossein, Marie Rivière e Emmanuelle Riva, poi sarà diretto due volte da Jacques Rivette: la prima (Chi lo sa?) (2001) e la seconda ne Questione di punti di vista (2009). Nel 2002, è accanto a Isabelle Adjani ne La repentie, poi passa a Devils (2002). È ancora tv con il telefilm Le Champ dolent, le roman de la terre (2002) e torna invece al cinema con Lemming (2005) con Charlotte Rampling e La voltapagine (2006).