Diplomata alla scuola di dizione e recitazione di Livorno, si è sempre divisa fra teatro, televisione e cinema, dove ha lavorato per tre volte con Paolo Virzì.

Per la TV
Nel 2002 l'attrice fa parte del cast per la serie televisiva Lo zio d'America, di Rossella Izzo, accanto a Christian De Sica, Ornella Muti e molti altri; nel 2009 invece recita nell'episodio La notte della lucertole all'interno della serie de I liceali.

Per il cinema
Il primo film nel quale recita Isabella Cecchi, nel 1997, è Ovosodo di Paolo Virzì. L'attrice è affiancata da attori quali Edoardo Gabbriellini, Marco Cocci, Regina Orioli, Claudia Pandolfi, Nicoletta Braschi, che portano sul set la storia di Piero Malsani, un ragazzo comune della Livorno popolare, figlio di un ex portuale che entra ed esce di galera, vive con il fratello ritardato e una giovanissima matrigna in un condominio popolare, tra panni stesi, gare di rutti e simpatici energumeni. Due anni dopo esce nelle sale Baci e abbracci, dello stesso regista; la Cecchi interpreta Annalisa. La trama si basa su uno scambio di persona e ricorda una novella di Gogol, "L'Ispettore generale". Sempre del 1999 è Il pesce innamorato di Leonardo Pieraccioni, in cui il regista stesso indossa i panni di Arturo, un falegname con una nascosta vena di scrittore, che diventerà di grande successo dopo l'inaspettata pubblicazione di uno dei suoi racconti. Nel 2003 l'attrice fa parte del cast di Dillo con parole mie, diretto da Daniele Luchetti; Isabella è l'amica di Stefania, la protagonista, che in questa commedia romantica non sospetta cosa ha in serbo per lei l'estate, dopo che è stata lasciata dal fidanzato. Dello stesso anno La mia vita a stelle e strisce, commedia di Massimo Ceccherini: il tranquillo casolare di Lando sta per subire una sconvolgente invasione: dall'America arriva la mitica zia Giuly con tanto di marito, figlia e nipotino... Nel 2005 è Agnese in Tutti all'attacco, storia di una società calcistica e del tentativo da parte del presidente di risollevarne le sorti, per la regia di Lorenzo Vignolo. Nel 2007 è Marta in Non c'è più niente da fare, scritto e diretto da Emanuele Barresi e Alessandro Izzo e incentrato sulle vicende di una compagnia teatrale di non professionisti, "I Perseveranti". Il 15 gennaio 2010 esce nei cinema la commedia corale La prima cosa bella, in cui Isabella Cecchi torna a lavorare con Virzì nel ruolo di zia Leda, affiancata da attori italiani con grande esperienza come Valerio Mastandrea, Claudia Pandolfi, Stefania Sandrelli. Siamo nell'estate 1971, elezione di miss Pancaldi, evento clou della stagione estiva livornese celebrato nel suo stabilimento balneare più noto. Qui inizia la storia della famiglia Michelucci dagli anni Settanta ad oggi.
Recentemente la troviamo sempre in ambito toscano, nella commedia diretta da Andrea Muzzi e Riccardo Paoletti Basta poco.